2005年夏天，拜仁在与皇马、曼联、切尔西等豪门俱乐部的竞争中获胜，成功与克罗斯的母队罗斯托克达成协议。彼时年仅15岁的克洛斯将留在罗斯托克完成自己的中学学业，随后加盟拜仁青年队。然而，仅仅在拜仁青年队呆了一个赛季，克洛斯便就被破格上调到一队。而在新赛季开赛，时任拜仁主教练希斯菲尔德也表示将会给克洛斯表现机会，毕竟在许多德国足球专家看来，克洛斯是一个不折不扣的天才球星，大家都在期待这名17岁的小将有朝一日成为日耳曼的新巨星。
07到08赛季，在拜仁慕尼黑战胜科特布斯的德甲联赛中，克罗斯在第72分钟替换罗伯托登场。虽然只有17岁，自己的身边都是超级球星，但是克洛斯并没有新人的青涩，只见他从容不迫地接过里贝里的指挥棒，把拜仁的中场梳理得井井有条。此时科特布斯的后防线在他面前显得不堪一击，一次次被他的突破和传球撕破。在仅有的20分钟出场时间里，克罗斯在相同的位置两次助攻克洛泽得分，生涯首次亮相就展现出了令人侧目的才华。
2008年夏天，在度过自己18岁生日不久，克罗斯便与拜仁续约，正式得到一份为期四年的职业合同。在德国足坛，克罗斯已经被看成是未来国家队的领军人物。在此前的U17世青赛中，克罗斯便以德国青年队队长的身份率队勇夺U17世界杯季军。在全部的7场比赛中，克罗斯共取得5粒进球和4次助攻。在最终的赛事最佳球员的评选中，克罗斯以26%的得票率力压尼日利亚新星里桑托斯夺得赛事金球奖，并以5个入球荣获铜靴奖。德国踢球者杂志甚至这么评价道，德国足坛已经很久没有出现过如此有天赋的前腰球员了，克罗斯让大家想起了当年的舒斯特尔。
虽然在当赛季剩余比赛中克罗斯再无建树，不过那场比赛基本为其拜仁生涯定调，他也由此被列为重点培养对象。更何况在欧洲联盟杯比赛中，完成欧战首秀的克罗斯6次出场，个人再次打入一球并送出二送助攻，这更加坚定了拜仁将他培养为巨星的决心。有趣的是，拜仁培养球星的模式分两种，一类是如穆勒，是自始至终待在队中的DNA球员。一类是如拉姆赫伊比尔，发现天赋后转租他队魔练，克罗斯则属于后者。而后续的租借堪称克罗斯职业生涯，甚至可以说人生中最重要的一次选择，克罗斯也从此走上巨星之路。
08到09赛季，为取得更多上场机会，克罗斯选择租借至德甲老牌劲旅勒沃库森，为期一年半。在当赛季德甲联赛第28轮，克罗斯打入自己的德甲生涯首球，而在之后的德国杯决赛，克罗斯替补出场，然而勒沃库森却以0比1负于云达不莱梅，无缘冠军。整个赛季，克罗斯代表勒沃库森出场13次，个人仅仅打进1球助攻1次。当时或许没人能想到，下个赛季的克罗斯能以火箭攀升的速度飙升。
09到10赛季开打前，传奇名帅海因克斯接过教鞭，他也成为克罗斯生涯最重要的教练之一。海因克斯无比重视克罗斯身上卓越的天赋，勒沃库森也给予克罗斯充分的信任和宽松的比赛氛围。彼时，海因克斯为克罗斯定制了四个位置，分别是中前卫、攻击型前卫、左边锋、左前卫。结果几场比赛试验下，老帅发现克罗斯在左翼发挥更加出色。在2009年12月以及2010年1月，克罗斯连续被德国足球杂志评选为当月最佳球员，并连续三周当选单轮最佳。他也成为德甲历史上第一位荣获该项殊荣的球员，而那年德克罗斯刚满20岁。09到10赛季，克罗斯的德甲数据是33轮比赛贡献9球外加12助攻，单季造20球，这时的克罗斯已经向巨星靠拢。
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